Cómo una profesora de Johns Hopkins y sus estudiantes chinos rastrearon el covid

Lauren Gardner, profesora asociada de ingeniería en la Universidad Johns Hopkins, estaba sentada en una cafetería de la escuela con dos estudiantes graduados en enero, conversando sobre su trabajo sobre el sarampión, la fiebre del dengue y el virus del Zika, cuando la conversación se convirtió en un coronavirus emergente en China.

Los estudiantes, ambos de China, querían rastrearlo, y Gardner, quien investiga cómo los sistemas de transporte propagan la propagación de la enfermedad, fue un juego. Construyeron un sitio web en un día, un tablero de instrumentos covid-19 , y después de lanzarlo el 22 de enero, se encontraron en el centro de una primera historia: rastrear una pandemia mortal y de rápido movimiento a medida que se extendía por todo el mundo.

El sitio web se convirtió en un éxito mucho más grande de lo que nadie había previsto. Con la hinchazón de puntos rojos brillantes y cifras sombrías de muertes en todas las naciones, se ha convertido en un recurso indispensable para cualquiera que siga la pandemia, una pieza central en salas de situación en todo el mundo, incluido el centro de operaciones del Departamento de Salud y Servicios Humanos del Departamento de EE.UU. característica en noticieros de televisión.

En marzo, el sitio web que aloja el mapa en línea, arcgis.com, generó casi 1.000 millones de visitas, según el rastreador web SimilarWeb. Eso fue más que LinkedIn, CNN o eBay, y se encontraba entre los 100 sitios más visitados del mundo, según datos de SimilarWeb. El presidente Trump se paró ante un gráfico construido en parte con datos del rastreador Johns Hopkins ese mes cuando anunció un llamado al distanciamiento social.

El gobierno de los Estados Unidos no ha producido nada comparable. Otros han seguido sitios similares, incluidas organizaciones de noticias, la Organización Mundial de la Salud y una organización sin fines de lucro dirigida por desarrolladores de software llamada Worldometers. Un sitio web de los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades de EE.UU. incluye datos similares de EE.UU., pero no se actualiza con tanta frecuencia.

"Si bien el recuento de casos no es perfecto, son invaluables en comparación con no tener nada", dijo David Finnoff, profesor de economía de la Universidad de Wyoming que estudia patógenos y pandemias. "Miro los datos del sitio web o las aplicaciones de los medios, muchas veces al día".

La experiencia de la Dra. Gardner es una ventana a los desafíos de perseguir un virus que se propaga rápidamente y comprender sus implicaciones para la salud. Las pruebas escasas, los casos asintomáticos y los métodos dispares del gobierno para informar infecciones y muertes han dificultado conocer el alcance de la enfermedad. Además, en algunos lugares, los funcionarios que producen datos que alimentan el sitio web pueden tener incentivos para informar erróneamente los números.

Gardner cree que los casos de coronavirus y las muertes relacionadas con covid no se han contado. También está a punto de completar un estudio que encuentra que el distanciamiento social ayudó a frenar la propagación del virus, al igual que muchos estados, empresas y hogares se cansan de las políticas de distanciamiento y el daño económico que causan.

“Absolutamente funciona. Tenemos evidencia muy clara ”, dijo Gardner sobre el distanciamiento social en una entrevista. "Hemos observado datos para cuantificar el distanciamiento social y datos de casos observados para cuantificar la tasa de crecimiento del brote y podemos mostrar que definitivamente existe una fuerte correlación entre los dos".

Uno de los estudiantes de Gardner en Johns Hopkins que ayudó a lanzar el rastreador, Ensheng Dong, un especialista en geografía y mapeo, pasó de 13 a 15 horas al día ingresando datos a mano, mientras también tomaba clases.

El tejano de 35 años tiene un doctorado en ingeniería. de la Universidad de Texas en Austin. Llegó a Johns Hopkins el año pasado después de pasar varios años como profesor de ingeniería civil en la Universidad de Nueva Gales del Sur en Sydney.

El proyecto comenzó de manera casi slapdash. El estudiante de Gardner, Dong, estaba preocupado por su familia en la provincia de Shanxi, al norte de Wuhan. Especialista en geografía y cartografía que estudió y trabajó en los EE.UU. desde 2012.

Comenzaron con un par de sitios web, informes de noticias y sus feeds de Twitter para obtener datos. Debido a que la enfermedad se centró en China, una fuente primaria fue DXY.cn, una comunidad en línea para profesionales médicos chinos que rastrearon los recuentos oficiales de coronavirus localmente.

"Estábamos pensando que esto sería realmente genial si quizás docenas o cien investigadores quisieran usarlo", dijo Gardner. Dong también quería datos para su disertación. "Lo arreglamos esa noche".

El sitio se volvió más sofisticado y automatizado a medida que la enfermedad crecía y las personas recurrían a él para obtener actualizaciones. El equipo comenzó a recopilar cifras oficiales de ciudades y estados de EE.UU., además de sitios web oficiales de países, provincias, ciudades y otras entidades gubernamentales de todo el mundo. Gardner dice que hay aproximadamente 7.000 puntos de datos en total para rastrear desde docenas de fuentes, incluidos varios sitios de agregación de datos.

El equipo, que se expandió y obtuvo recursos de otras partes de Hopkins, ahora pasa la mayor parte de su tiempo manteniéndose al tanto de los datos que ingresan. Eso incluye un "sistema de detección de anomalías" para detectar entradas extrañas, dijo. También pasó del campus a trabajar de forma remota.

Muchos funcionarios del gobierno, a su vez, confiaron en él para rastrear dónde se propagó el virus.

"Al principio, era de lejos la mejor información que teníamos sobre lo que sucedía en la región y los Estados Unidos en tiempo real", dijo Max Reiss, portavoz del gobernador de Connecticut, Ned Lamont.

El mapa estaba en una pantalla grande cuando Lamont y los funcionarios estatales se congregaron alrededor de una mesa en un centro de operaciones de emergencia el 10 de marzo para discutir la declaración de preparación civil y emergencias de salud pública.

El equipo de trabajo sobre coronavirus del gobierno federal se basó en modelos del Instituto de Evaluación y Medición de la Salud de la Universidad de Washington de Seattle, que a su vez se basó en datos sobre muertes recopiladas en el tablero de Hopkins Covid-19, según una portavoz del IHME. Muchos días, las reuniones del grupo de trabajo sobre coronavirus en la Sala de Situación de la Casa Blanca comenzaron con la Dra. Deborah Birx, coordinadora de respuesta al coronavirus de la Casa Blanca, y el Dr. Anthony Fauci, el principal funcionario de enfermedades infecciosas del gobierno, revisando los modelos IHME.

Detrás de los mapas hay una complicada cadena de suministro de datos repleta de desafíos que surgen de la recopilación y el empaquetado de información en bruto de miles de fuentes de todo el mundo.

Los recuentos de los Estados Unidos reflejan esos desafíos.

Las pruebas varían en todo el país. Nueva York ha realizado 6.464 pruebas por cada 100.000 personas en el estado, según Hopkins. Eso se compara con 1.526 por 100.000 en Arizona. Con pruebas limitadas y variadas, y muchas personas infectadas que nunca muestran síntomas, es difícil saber la verdadera propagación del virus.

Tabular muertes también es complicado. Algunos estados cuentan las muertes probables para los casos en que no hubo resultados de las pruebas disponibles, pero donde el fallecido tenía síntomas de la enfermedad, de acuerdo con la orientación de los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades. Otros estados aún no incluyen datos de casos probables en los números que publican en línea.

Descifrar la causa de la muerte se reduce a los juicios individuales realizados por un amplio tapiz de médicos, médicos forenses y médicos forenses.

Los métodos difieren incluso dentro de los estados. El estado de Nueva York solo informa sobre muertes confirmadas por covid-19 en su recuento oficial en línea. La ciudad de Nueva York, por otro lado, comenzó a agregar casos probables a datos específicos de la ciudad a mediados de abril, de conformidad con las pautas de los CDC. Como resultado, el equipo de Gardner agregó manualmente miles de muertes probables al tablero.

Gardner dijo que no es el papel de su equipo juzgar estas diferencias. Cuando las autoridades reporten casos probables, ella lo incluirá.

"¿Cómo se supone que voy a calcular cuántas muertes probables hay en los 4.000 puntos en mi tablero?" Gardner dice. “Es algo imposible para mí hacer. Ya es bastante difícil obtener los datos que se han informado ”.

El desafío es global. A principios de abril, Francia aumentó su número oficial de muertes en más del 40% después de recoger casos que no se habían detectado en hogares de ancianos.

El sitio de Hopkins también digirió revisiones de China, donde la posibilidad de un recuento significativo ha despertado sospechas entre epidemiólogos, fuentes de inteligencia de EE.UU. y residentes de Wuhan.

La Dra. Gardner dijo que cree que China, como otros países, incluido Estados Unidos, ha contado menos casos. Ella dijo que no podía decir si esto se debe a una "intención maliciosa" o simplemente al desafío que enfrentan las autoridades en todas partes para mantener el ritmo de una nueva enfermedad que se mueve rápidamente.

En epidemias de enfermedades pasadas, los países tendían a retrasar la presentación de informes hasta que un problema se volviera seguro, porque notificar a otros tenía costos económicos, como la reducción de viajes y comercio, dice Ramanan Laxminarayan, investigador de la Universidad de Princeton. Los sistemas de alerta temprana, dijeron él y otros, son clave para la prevención.

"De alguna manera, parece una tarea que los CDC podrían hacer", dijo Gardner sobre la construcción de un sistema de seguimiento de EE.UU. "Diría que han asumido muchas otras tareas y se han centrado en otras cosas que son muy complementarias".

Al principio no estaba claro si el sistema Johns Hopkins duraría más de un par de semanas. El virus en sí podría haberse inflamado rápidamente. En cambio, el recuento del viernes por la noche mostró más de 3,9 millones de casos de infección y más de 274.000 muertes en todo el mundo.

"Había una brecha enorme y clara para proporcionar datos públicamente", dijo Gardner. "Esta es la primera vez que el mundo puede ver en tiempo real cómo se desarrolla una pandemia".

Stephanie Armor contribuyó a este artículo.

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